引用自維基百科：

石之瑜的言論總是引起各方面的辯論，其中包括他只譴責美國帝國主義，卻不見分析是不是有中國帝國主義；雖然不直接反對台灣獨立，卻經常揶揄台獨領導的人品；而且，他解構中國民族主義的作品主要都是英文，雖然有許多非華人讀者、但是最需要閱讀這類文章的是華人。

石之瑜對於台灣時政的批判經常用詮釋法，不用實證法，不同讀者經常讀出迥然不同訊息；對泛綠的批判往往借用自由主義或憲政主義；但他對泛藍的批判通常會改採保守主義或傳統主義。

在美國學界的印象裡、石之瑜是無法歸類的異議份子；台灣有泛綠認為「他批判泛綠及美國的言論更適合批判中國及中國民族主義...，與中國民族主義者有類似的盲點」；但在共產黨的官方立場裡，他又曾被認為對三個代表不敬、同情日本、甚至否定祖國的民族政策（據說他有土家族血統）。

從他著作中有兩本書名所透露的立場則是：「進出族國」，處在「家國之間」。